基础医学部成立于2000年，下设办公室、教学管理科、实践教学科。现有10个教研室、5个实验中心（室）、1个病理检验研究中心、1个医学生物标本研发中心及生命科学馆。实验区总面积3.4万余平方米，仪器设备总值近2000余万元。承担临床医学、护理、口腔医学、药学等各专业的基础课程的教学任务。同时，医学生物标本研发中心开展解剖、病理、生物教学标本研发，服务教学；病理检验研究中心还承担着临床病理检验、法医病理检验等社会服务职能；生命科学馆陈列各类教学标本1000余件，除满足教学外，同时对社会开放，已成为全国科普教育基地及解剖技术培训基地。